Para la realización de este trabajo debe instalarse el paquete shapeR:
install.packages("shapeR")Una vez instalado al ejecutar las siguientes instrucciones:
library(shapeR)
data(FISH)se carga en memoria un conjunto de datos morfológicos de peces, para los que se incluye un código de identificación, mes, año, latitud y longitud de la captura, así como longitud, peso, edad sexo y estado de madurez del pez, y la identificación de una foto realizada a uno de los otolitos del pez. Las fotos de los otolitos se descargan de https://github.com/lisalibungan/shapeR.
El paquete shapeR tiene como objetivo estudiar la variación de forma de los otolitos entre poblaciones de peces.
La descripción del paquete y la forma de utilizarlo se encuentran en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4372608/pdf/pone.0121102.pdf
El trabajo a realizar consiste en explicar como se utiliza dicho paquete para analizar las fotos de los otolitos que figuran en la web citada, obteniendo de éstas las medidas disponibles y asociándolas con las características morfológicas de los peces citados. Si los alumnos disponen de fotos de otolitos que hayan obtenido en prácticas de laboratorio pueden utilizarlas también para probar el programa.
A modo de orientación, algunas ideas que se pueden poner en práctica con este conjunto de datos son las siguientes:
Llevar a cabo una descripción de las variables observadas (de donde proceden los peces, cuáles son sus características de peso y talla, proporción de sexos, estados de madurez, …). Para cada variable deben usarse las medidas descriptivas, tablas y gráficos más adecuados.
Una descripción similar a la anterior debe realizarse también con las medidas obtenidas a través del análisis de las fotografías de los otolitos.
Evaluar si existen diferencias significativas entre sexos o entre poblaciones (Islandia-Noruega) en las distintas medidas, tanto las morfológicas del data.frame FISH, como en las que resulten del análisis de las fotografías.
Evaluar asociación entre variables (por ejemplo, peso-talla, medidas del otolito con el peso o la talla, …), determinando si dicha asociación cambia con el sexo, el estado de madurez o la población de procedencia.
Los puntos anteriores deben tomarse como simple orientación y el alumno es libre de poner en práctica cualquier análisis de estos datos que considere interesante.